病菌菌丝具有分隔和分枝,初期无色,后变褐色。分生孢子梗从病组织的气孔或表皮成簇生出,很少单生,不分枝,一般有2〜4个隔膜,基部较粗,顶部较细,分生弛子脱落后,梗顶部成曲折状。分生孢子无色或淡褐色,洋梨形或倒棍棒形,顶端钝尖,基部钝圆,有脚胞,成熟后常具2个隔膜。多数砲子萌发时从顶部或基部细胞萌发伸出芽管,芽管顶端形成球形或卵圆形、褐色、厚壁且光滑的附着胞,然后长出侵染丝,侵入寄主组织。
病菌可产生五种毒素,即稻瘟菌素(piricularin)、6-卩比咲梭酸(picolinicacid)、细交链孢菌酮酸(tenuazonicacid)、稻瘟醇(piricculol)及香豆素(coumarin),这些毒素抑制稻株呼吸和生长发育。将提取的稻瘟菌素、6-毗嚏梭酸、细交链孢菌酮酸的稀释液分别滴在叶片的机械伤口上,置适宜温度下均可致叶片呈现与稻瘟病相似的病斑。
稻瘟病菌对不同品种水稻的致病性具有明显的专化性,据此区分为不同的生理小种群和生理小种。我国稻瘟病菌生理小种的鉴别寄主为特特勃(Tetep)、珍龙13、四丰-43、东农363、关东51、合江18和丽江新团黑谷7个品种。目前长江流域双季釉粳混栽区小种组成较为复杂,粧稻品种上以ZB、ZC群小种为主,粳稻上以ZF、ZG群小种居多。全国已鉴定出8群85个中国小种,ZG小种为优势种群。
在自然情况下,稻瘟病菌除侵染水稻外,还可侵染壮羊茅、枇壳草、马唐等。人工接种时还可侵染多种禾本科植物。来自不同禾本科植物上的梨孢菌也可侵染水稻。