病菌主要随病残体在土壤中越冬，亦可以抱子附在种子表面，或以菌丝体或细菌菌体潜伏于 种子内部越冬。有些病菌可在土壤中营腐生生活，曲霉病菌和软腐病菌等还广泛存在于空气中。 翌春棉花播种发芽时，主要在种子上越冬的炭疽病菌和角斑病菌等可直接引致棉苗发病，其病部 产生的分生砲子和细菌借风雨和昆虫等传播，经多次再侵染，于铃期侵染棉铃,而曲 霉病菌和软腐病菌等产生的砲子可经气流等传播直接侵染棉铃，引起烂铃。条件适宜时，病铃上 的病菌通过多种途径再侵染，导致病铃数量不断增加，病情加重。
病菌的侵入方式可分为两类：侵染力较强的棉炭疽病菌、疫病菌、茎枯病菌和黑果病菌等可 从棉铃苞叶和角质层直接侵入引起发病；侵染力较弱的红腐病菌、红粉病菌、曲霉病菌和软腐病 菌等常从伤口、铃尖裂口、铃壳缝隙、虫孔或从先期直接侵入的病菌引起的病斑处侵入，从而导 致多种病害并引发更为严重的烂铃。
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